报告一：
题 目：Single-Cell and Spatial Multi-Omics Reveal Xylem Development and Evolution
报 告 人：林盈仲 教授
主办单位：林木遗传育种全国重点实验室
报告时间：2026年7月22日（星期三） 9:00-10:00
报告地点：林科楼1305
报告人简介：
林盈仲博士，台湾大学生命科学系教授。长期致力于解析木质部如何发育、进化，并因应环境变化而重塑。他整合植物发育生物学、基因组学、生物信息学、单细胞转录组与空间多组学，建立具有解剖与空间证据支持的木质部细胞谱系模型，探讨长期存在的发育模型争议。其研究进一步揭示，植物面对机械与干旱等环境压力时，能在维持核心细胞谱系的同时，借由调整细胞命运比例与分化速度产生发育可塑性；并通过跨物种分析，提出种子植物木质部发育程序逐步简化的演化架构。2023至2026年期间，以通讯作者发表11篇同一研究主轴的学术成果，所有论文均刊登于JCR各领域排名前8%的期刊，包括9篇前5%及其中1篇前2%，如Plant Cell，Developmental Cell，Genome Biology，Briefings in Bioinformatics等。担任国际林业研究组织联盟（IUFRO）2.04.06学部副主席等。
报告内容简介：
木质部不仅负责植物的水分运输与机械支撑，也是陆域生物量、碳储存及木材与再生材料的重要来源，因此理解其形成机制具有基础科学与应用上的双重意义。通过整合单细胞与单细胞核转录组、激光捕获显微切割、空间转录组、空间代谢组、蛋白组及生物信息分析，我们建立并验证木质部细胞谱系模型，理清过去不同研究所提出的发育路径争议，并将分析范围由早期细胞命运决定延伸至次生细胞壁形成与细胞死亡等后期阶段。进一步的研究显示，植物面对机械与干旱等非生物逆境时，并不需要创造新的细胞类型，而是在维持核心细胞谱系的同时，通过改变不同细胞命运的分配比例及调节分化速度，快速重塑木质部的结构与功能，形成具有弹性但仍维持发育秩序的适应策略。此外，跨越被子植物与裸子植物的比较分析显示，木质部发育程序在种子植物进化过程中经历选择性保留、分化、重新配置与逐步简化，据此提出木质部「缩减式演化」的概念架构。整体而言，我们结合解剖、单细胞、空间多组学与跨物种分析，从发育谱系、环境适应及演化历史三个层次，建立对木质部形成与多样化的系统性理解。
报告二：
题 目：植物如何通过表观遗传调控响应扰动？
报 告 人：谢若微 助理教授
主办单位：林木遗传育种全国重点实验室
报告时间：2026年7月22日（星期三） 10:00-11:00
报告地点：林科楼1305
报告人简介：
谢若微博士，成功大学生命科学系助理教授。获中央研究院与台湾大学合办的基因组与系统生物学博士学位，博士期间以植物表观遗传与转录调控为研究核心，运用生物信息学方法整合基因组、转录组与表观基因组数据，解析DNA甲基化、染色质状态、转座子与基因表达之间的相互作用，并探讨这些调控机制在植物发育与逆境响应中的作用。博士毕业后，先后任职中央研究院植物暨微生物学研究所博士后研究员、赴日本理化学研究所可持续资源科学中心开展访问研究，并于美国加州大学戴维斯分校基因组中心从事博士后研究。在此期间，她进一步从小分子RNA与基因组学的角度，利用大规模作物品种及自然群体数据，并开展多种重要作物的跨物种比较，解析小分子RNA在基因调控、植物适应与演化中的作用。另一方面，她也将研究对象由模式植物拓展至木本植物，结合单细胞、空间多组学及跨物种分析，探讨植物细胞身份的建立、维管组织发育、逆境下的发育可塑性，以及发育机制的演化。其代表性成果包括：揭示植物表观遗传因子对转座子的协同与拮抗调控，鉴定水稻再生与转化过程所造成的特定表观基因组变化，以及运用单细胞与空间多组学解析木质部发育、机械胁迫引发的发育重塑与种子植物发育机制的演化。相关成果发表于 Genome Biology、Developmental Cell、The Plant Cell、New Phytologist、Plant Physiology 及 Nature Communications 等国际期刊。
报告内容简介：
植物在组织培养、再生与转化过程中会经历强烈的逆境、人为扰动，并可能在表观基因组中留下特定印记。本报告将以水稻为例，介绍如何整合DNA甲基化与转录组数据，区分组织培养所造成的共同效应，以及转化程序额外引发的表观基因组变化。我们发现，这些变化在全基因组范围内并非随机分布，而是具有明显的区域偏好，尤其富集于转座子相关序列，表明再生与转化对水稻表观基因组的影响具有特定的基因组特征。转座子是植物基因组的重要组成部分，其活性受到DNA甲基化、组蛋白修饰与染色质调控因子构成的多层次网络严密控制。本报告将进一步介绍我们如何整合不同表观遗传因子的全基因组数据，解析这些因子在转座子调控中的相互作用。我们发现，不同调控因子之间不仅可以产生协同作用，也可能呈现拮抗关系；不同类型的转座子所依赖的调控组合也不尽相同。这表明，植物并非通过单一途径维持转座子沉默，而是依靠多条表观遗传途径之间的动态平衡，共同维护基因组稳定性。综合而言，转座子既是基因组受到扰动时的敏感区域，也是理解植物表观遗传调控与适应机制的重要切入点。
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